|
|
Automatická klasifikace spánkových fází z polysomnografických dat
Kříženecká, Tereza ; Potočňák, Tomáš (oponent) ; Ronzhina, Marina (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá automatickou klasifikací polysomnografických záznamů, která je založená na analýze parametrů v časové a frekvenční oblasti. Parametry jsou počítány z 30s úseků EEG, EMG a EOG signálů snímaných v průběhu různých spánkových fází. Pomocí statistické analýzy jsou vybrány parametry, které jsou vhodné pro následnou automatickou klasifikaci spánkových fází. Klasifikace je poté provedena pomocí metody SVM a zhodnocení úspěšnosti klasifikace je provedeno pomocí senzitivity, specificity a procentuální úspěšnosti. Práce byla provedena v programovém prostředí MATLAB.
|
|
|
Biometrie otisku prstu
Smékal, Ondřej ; Drahanský, Martin (oponent) ; Fedra, Petr (vedoucí práce)
Algoritmy sloužící pro identifikaci a verifikaci osob pomocí rozpoznávání otisků prstů jsou již dlouhodobě rozšířeny a využívány ve forenzních aplikacích i v soukromém sektoru. Cílem této práce je seznámení se s různými aplikovanými matematickými modely zpracování obrazů otisků v digitální podobě. Druhým úkolem je prezentace algoritmického řešení vybraného postupu identifikace osoby pomocí otisku prstu. Algoritmus je řešen ve vývojovém prostředí programu Matlab.
|
|
|
Skórovací systém v hodnocení sputa při posouzení specificity a senzitivity
Fidra, Dominika ; Trnková, Ivana (vedoucí práce) ; Maláska, Jan (oponent)
Cílem této diplomové práce je vytvoření skórovacího systému v hodnocení sputa pro všeobecné sestry na jednotce intenzivní péče. Je pojata jako diagnostická studie, která posuzuje schopnost skórovacího systému přesně určit probíhající stav - infekční zánětlivé onemocnění. Odebraný biologický materiál byl porovnán se zlatým standardem - mikrobiologií a dvěma nezávislými osobami. Výsledkem diagnostické studie je vytvořený a ověřený skórovací systém, kde je k jednotlivým bodovým hodnocením popsána barva, konzistence, příměsi a zápach biologického materiálu - sputa. K ověření skórovacího systému byly použity hlavní parametry diagnostického testu - senzitivita, specificita a prediktívna hodnota (pozitivní a negativní). Pro normální a hodnotu patologickou se určily mezní - cut off hodnoty, podle kterých se měnila hodnota senzitivity a specificity. Zanesením hodnot do grafu a vytvořením ROC křivky (Receiver Operating Characteristic) se zjistilo, že při cut off hodnotě 1 a 2 u prvního hodnotitele je výsledná plocha pod křivkou (AUC)=0,75. Výsledek představuje skórovací systém dle prvního hodnotitele jako test dobrý a účinný. Výzkum proběhl na Klinice anesteziologie a resuscitace ve Fakultní nemocnici Královské Vinohrady ve spolupráci se všeobecnými sestrami a lékaři. Klíčová slova: skórovací systém, sputum,...
|
|
|
Pluralita fotobiontů ve stélkách lišejníků
Dědková, Kamila ; Steinová, Jana (vedoucí práce) ; Vančurová, Lucie (oponent)
Pluralita fotobiontů označuje výskyt více fotobiontů uvnitř jediné stélky lišejníku. Tento fenomén byl popsán již na konci minulého století, ale hlubší pozornosti se mu dostalo až v poslední dekádě. I přesto je však množství dostupné literatury na toto téma omezené. V této bakalářské práci shrnuji veškeré důležité poznatky, které byly do dnešního dne o pluralitě fotobiontů publikovány. Nejčastějšími fotobionty žijícími spolu v jedné stélce jsou řasy rodu Trebouxia, ale koexistovat spolu mohou i jiné řasy a sinice více či méně fylogeneticky příbuzné. Pluralitní stélka vzniká buď na počátku lichenizace asociací hyfy s několika fotobionty najednou (horizontální přenos) nebo získáváním doplňkových fotobiontů v průběhu života (vertikální přenos). Nejzásadnějšími faktory ovlivňujícími výskyt více fotobiontů ve stélce jsou pravděpodobně specificita a selektivita mykobiontů a lokální podmínky prostředí. Pluralita fotobiontů byla objevena u více než padesáti druhů lišejníků. Mnoho důležitých poznatků bylo popsáno na modelovém lišejníku Ramalina farinacea. Jeho koexistující fotobionti se liší v reakcích na různé, především stresové podmínky prostředí. Z toho vyplývá, že přítomnost více různých fotobiontů ve stélce může přinášet výhodu pro osidlování nových stanovišť a může být podstatná pro přežití na...
|
|
|
Obrazová fúze v rámci biopsie prostaty
ŽŮČEK, David
Tato odborná práce se zabývá užitím obrazové fúze v rámci biopsie prostaty, což je již několik desítek let používaná metodika, která slouží k co nejpřesnějšímu zachycení patologických nálezů na prostatě, a to primárně rakoviny prostaty. Pro navádění biopsie je zde použito spojení obrazových modalit, kterými jsou magnetická rezonance a intrakavitální ultrasonografie. Cílem studie bylo prostudování málo obvyklé situace, kdy jeden a ten samý radiologický tým provádí zároveň oba výkony, z nichž je tvořena metodika biopsie prostaty naváděná obrazovou fúzí. Následně jsme stanovili hypotézu, která tvrdí, že lze nalézt specifické výhody, když lékař i radiologický asistent ovládají a provádějí oba výkony z nichž sestává obrazovou fúzí magnetické rezonance a intrakavitální ultrasonografie naváděná biopsie prostaty u téhož pacienta. Metodikou teoretické části bylo prostudování převážně zahraničních odborných lékařských článků a literatury a následné použití informací pro objasnění popisované metodiky. V praktické části byla metodou ROC analýzy zpracována výstupní data vyšetření 59 pacientů poskytnutá panem MUDr. Zdeňkem Chudáčkem Ph.D. a následně porovnána se dvěma zahraničními studiemi pro ověření stanovené hypotézy. Výsledek ROC analýzy a jeho porovnání se zahraničním studiemi potvrdil hypotézu, a tudíž i přítomnost specifických výhod prostudované málo obvyklé situace provedení biopsie prostaty způsobem stanoveným na začátku studie. Výstupy práce budou použity v širší časopisecké publikaci, která má za cíl přiblížit problematiku této práce odborné radiologické veřejnosti.
|
|
|
Sejdeme se v litorálu: Diverzita symbiontů lišejníků čeledi Verrucariaceae
Schmidtová, Jana ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Lišejníky jsou organismy tvořené několika symbiotickými partnery, z nichž nejdůležitější je houba (mykobiont) a řasa či sinice (fotobiont). Přestože většina lišejníků je terestrická, některé lze nalézt i ve vodním prostředí. Černé korovité lišejníky z čeledi Verrucariaceae (Verrucariales, Eurotiomycetes, Ascomycota) se dokázaly tomuto prostředí velmi dobře přizpůsobit a tvoří často dominantu mořského pobřeží v těsné blízkosti kolísající vodní hladiny. Schopnost těchto lišejníků obývat nejrůznější prostředí je spojována s jejich neobvykle širokou škálou fotobiontů. Přesto však u většiny z nich není tento symbiont známý. Tato práce zkoumá diverzitu lišejníků čeledi Verrucariaceae v litorální zóně pobřeží Baltského a Severního moře, vztahy mezi symbionty a spojitost mezi diverzitou lišejníků a gradientem salinity. Pomocí metabarcodingu zjišťuje diverzitu volně žijících řas v okolí studovaných lišejníků a symbiotické řasy porovnává s fotobionty, nalezenými v lišejnících. Mykobionti a fotobionti byli identifikováni pomocí ITS a 18S rDNA. Nalezeno bylo celkem devět linií mykobiontů i fotobiontů. Nejčastějším lišejníkem se ukázal být druh Hydropunctaria maura se svým fotobiontem Pseudendoclonium submarinum. Pro řadu lišejníků je zde jejich fotobiont popsán molekulárně poprvé. Objevení mnoha molekulárně...
|
|
|
Stratification risk of disease progression in patients with abnormal cervical cytologic finding by means of molecular genetic analysis of selected biological factors
Gomolčáková, Barbora ; Kašpírková, Jana (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Predmetom diplomovej práce bolo pomocou molekulárne - genetických techník sledovať vplyv vybraných herpesvírusov, polyomavírusov, Chlamydie trachomatis a metylácie promótorov tumor supresorových génov na vznik a progresiu ťažkých lézií u HPV pozitívnych pacientok. Potvrdenie prítomnosti týchto markerov u žien s ťažkými léziami na krčku maternice (KM) by pomohlo zvýšiť potrebnú špecificitu molekulárne genetického HPV testovania a tým ho odporučiť ako primárny screeningový test pre prevenciu karcinómu KM. HPV testovanie by tak mohlo nahradiť dnes prevládajúce cytologické vyšetrenie, ktoré vykazuje relatívne nízku citlivosť a tým aj množstvo falošne negatívnych výsledkov. Analyzované vzorky tvorili cytologické stery KM odobraté do tekutého média od 51 HPV pozitívnych žien s histologicky potvrdenou prítomnosťou ťažkej lézie. Ako kontrola boli použité odbery od 51 žien bez infekcie. Možný vplyv na progresiu ochorenia bol potvrdený iba pri metyláciách génových promótorov, ktorých prítomnosť bola detegovaná až u 26 pacientok. Je však veľmi nepravdepodobné, aby sa u všetkých týchto žien vyvinul karcinóm. Tento marker by teda mohol pomôcť stratifikovať pacientky v riziku, ale iba do istej miery. Napriek tomu, že samostatné pôsobenie zvyšných markerov v karcinogenéze karcinómu KM nebolo preukázané, nie je vylúčené...
|
|
|
Vliv environmentálních faktorů na diverzitu lišejníkových fotobiontů
Červenková, Tereza ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Lišejníky jsou synergickým spojením nejméně dvou organismů, heterotrofní houby a fotosyntetické řasy nebo sinice. Toto sdružení má za následek, že interagující organismy jsou daleko tolerantnější vůči environmentálním vlivům, jelikož tyto organismy si vzájemně poskytují určité výhody, které by jako volně žijící jedinci nebyly schopné získat. Je všeobecně známo, že houboví partneři z lišejníku jsou daleko méně citliví, co se týče přírodních podmínek, jakými jsou např. teplota, nadmořská výška, množství srážek nebo typ a složení substrátu. Proto také mají houby tvořící lišejníky daleko větší ekologické valence než s nimi interagující fotobionti, z nichž většina rodů a druhů je adaptovaná pouze na určité podmínky prostředí. Z tohoto důvodu jsou to právě symbiotické řasy a sinice, které pravděpodobně z velké míry určují prvotní vznik lišejníku na dané lokalitě. Tato rešerše je převážně věnována adaptabilitě fotoautotrofních symbiontů lišejníků, tj. kokálních zelených řas a sinic, na environmentální podmínky. Ekologické rozrůznění fotobiontů má přímý vliv na jejich genetickou diferenciaci a tím i na diferenciaci samotných druhů lišejníků. Bohužel se v mnoha studiích většinou autoři zabývají pouze diverzitou makroskopického symbiotického partnera, tj. mykobionta, a ekologie fotobiontů je často přehlížena...
|
|
|
Bioinformatic analysis of protein/DNA interactions
Božíková, Paulína ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hašek, Jindřich (oponent)
V této práci jsme analyzovali lokální strukturu DNA páteře v DNA vázané v kom- plexech s proteiny a volné DNA, a závislost lokální struktury na typu párování a na sekvenci. Za tím účelem jsme analyzovali přibližně 1400 krystalových struktur DNA v komplexech s proteiny a více než 400 krystalových struktur DNA nevázané v komplexech s proteiny. Lokální konformace DNA byly klasifikovány do 38 tříd dinukleotidových konformerů ntC popsaných dříve (Svozil et al. Nucleic Acids Res. 2008), které byly dále sdruženy do 16 klastrů strukturní abecedy ntA, aby- chom redukovali počet analyzovaných proměnných. Strukturní třídy ntA dinu- kleotidů tvořících páry bazí v dvoušroubovicích DNA byly uspořádány do tzv. Asociačních matic tak, že řádky a sloupce matic jsou označeny třídami ntA právě vázaných dinukleotidů. Analyzovali jsme tři základní matice. Dvě pro dinukleotidy vázané pouze do Watson-Crickových párů v protein/DNA komplexech, respektive v samotných DNA. Třetí matice byla sestrojena pro dinukleotidy vázané i jinými než Watson-Crickovými páry. Asociační matice jsme rovněž zkoumali v závislosti na sekvenci přispívajících dinukleotidů. Provedené analýzy ukazují rozdíly ve struk- turním chování různých...
|
|
|
Bioinformatic analysis of protein/DNA interactions
Božíková, Paulína ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Hašek, Jindřich (oponent)
V této práci jsme analyzovali lokální strukturu DNA páteře v DNA vázané v kom- plexech s proteiny a volné DNA, a závislost lokální struktury na typu párování a na sekvenci. Za tím účelem jsme analyzovali přibližně 1400 krystalových struktur DNA v komplexech s proteiny a více než 400 krystalových struktur DNA nevázané v komplexech s proteiny. Lokální konformace DNA byly klasifikovány do 38 tříd dinukleotidových konformerů ntC popsaných dříve (Svozil et al. Nucleic Acids Res. 2008), které byly dále sdruženy do 16 klastrů strukturní abecedy ntA, aby- chom redukovali počet analyzovaných proměnných. Strukturní třídy ntA dinu- kleotidů tvořících páry bazí v dvoušroubovicích DNA byly uspořádány do tzv. Asociačních matic tak, že řádky a sloupce matic jsou označeny třídami ntA právě vázaných dinukleotidů. Analyzovali jsme tři základní matice. Dvě pro dinukleotidy vázané pouze do Watson-Crickových párů v protein/DNA komplexech, respektive v samotných DNA. Třetí matice byla sestrojena pro dinukleotidy vázané i jinými než Watson-Crickovými páry. Asociační matice jsme rovněž zkoumali v závislosti na sekvenci přispívajících dinukleotidů. Provedené analýzy ukazují rozdíly ve struk- turním chování různých...
|
host ::
RSS.